在醫保控費的大形勢下，未來政策與市場的大方向是分級診療。但是就目前的現狀來說，中國龐大而陳舊的醫療體系在短時間內難以撼動它的地位，分級診療難處重重。
難點一：
支付制度如何引導醫患分級？
我國的支付制度以診療為核心，而非全面的健康管理，基層醫療特別是社會藥店的功能長期被弱化。在現行制度下，門診乃醫院重要且穩定的收入來源，若利益機制調整不明確，醫院如何能放開門診資源與處方資源。此外，還需要發揮醫保杠桿作用，拉大不同等級醫療機構與社會藥店享有公平的政策資源。
難點二：
醫生資源如何流向基層？
基層醫生資源匱乏，尤其是高層次醫生資源。相比起大醫院，基層醫生的待遇與社會地位較低等是不爭的事實，留不住人才，自然無法培養患者對基層醫療的信任度。
難點三：
雙向轉診如何實現？
分級診療制度強調基層首診，同時通過政策引導，鼓勵慢性期、恢復期患者向下轉診。目前，部分地區已借助"互聯網+"的力量創建轉診協作平臺，如現有市場上的一些互聯網醫院與精準尋醫平臺，實現了各層級的醫院信息聯通，有效解決了向上轉診難題。然而，分診的難點卻是推動基層首診與大醫院向基層轉診病人。遺憾的是，基層醫院不僅缺乏醫生資源，甚至藥品與醫療器械的配備也不如大醫院齊全，這在很大程度上將打擊患者首診與向下轉診的意愿。而對于社會藥房，其分布廣，便利性比基層醫院更強，藥品品種也更豐富，但藥店沒有處方，醫保政策也與醫院不對等，若這兩個問題無法解決，藥店比較終難以承接分級診療的需求。
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